裸藻水華多發生在靜水、有機質豐富的小水體，水庫、河溝、江河等較少見。裸藻適宜生存的溫度范圍很廣，水華形成的適宜溫度為20℃-35℃，生長時間橫跨春、夏、秋三個季節，尤以6、7、8、9月份生長最旺盛。裸藻水華顏色呈綠色、藍綠色，這點跟藍藻引起的水華很像，較難鑒別。可通過測量pH進行鑒定，裸藻絕大多數生長于pH6.5-8.5之間的水體中，而藍藻大量繁殖時，pH多在8.5以上。

另外，裸藻水華有時也會出現紅褐色（俗稱“鐵銹水”）或者醬油色（多發生在養殖中后期和老化池塘）。裸藻對溫度突變很敏感，當遇到惡劣天氣或環境變化較大時，裸藻比藍藻、綠藻等更容易突然集體死亡而發生倒藻現象。

裸藻大量死亡后，尸體分解會釋放毒素，不僅敗壞水質，還會造成魚蝦泛塘、死亡。裸藻水華不易殺滅，實驗證明，藥物在魚蝦安全濃度內，很難殺滅裸藻。裸藻大量繁殖的池塘，因為它抑制了其他有益藻類的生長，使得水體清瘦。

裸藻水華的調控方法主要分三類

一是生物方法：

移植水葫蘆、水浮蓮（草魚池）等適量水生植物；或者培養其他藻類，讓藻相復雜不單一；

較為經濟的方法是混養鰱、鳙、羅非等濾食性魚類，一般每畝放50-150尾；還有就是投放生物制劑。

二是物理方法：

經常換水，保持水質清新；每天中午開增氧機2小時，增加水體交換；使用絮凝劑，嚴重時連用2-3次，使用后注意解毒培水。

三是化學方法：

調節水體pH值，利用裸藻對pH敏感的特點調節裸藻生長；調節鹽度，裸藻大部分生長在淡水中。

可在裸藻集中區域潑灑粗鹽（8-10斤/畝）進行抑殺，前提是必須使用過絮凝劑絮凝；

使用消毒劑或滅藻劑在裸藻集中區域潑灑殺滅。化學方法雖然快速，但千萬不可在裸藻衰敗期使用，以免造成人為倒藻、泛塘。

裸藻水華重點在防不在治，一般裸藻水華要在水體富營養化的情況下才會出現，平時的調控是有效杜絕水華的方法。

平時合理搭配使用EM菌，芽孢桿菌等有益菌通過調水，促進有益藻硅藻，小球藻的的培養，同時結合養殖品種，多增加底層魚的數量來達到調節預防水華的發生。

定期投放微生態制劑調水，第一次投放后隔15天投放第二次，接下來至少每隔1個月投放一次，冬天可適當延長投放時間。

定期投放腐植酸鈉腐化底質，一般1個月使用一次即可。

對于出現裸藻水華的魚塘，一般處理方法是在池塘下風口三分之一的區域潑灑滅藻劑進行殺滅，視情況使用1-2次。

用藥后要進行換水，沒有條件的注意增氧，保證溶氧充足。

隔4-5天后使用芽孢桿菌調水一次，對于老化、淤泥多的池塘隔15-20天再進行二次調水。

如果池塘已經發生水華，建議在池塘下風口進行局部殺滅，選擇一天中水華最集中的時候用藍藻滅等滅藻劑潑灑。

一般情況下使用1次即可，如有需要可隔一周再用一次。

用藥后注意隔1-2天后使用有機酸潑灑解毒，解毒后接著用微生態制劑進行培菌，讓有益菌盡快生長起來，占據種群優勢，抑制裸藻的生長。